Pierwsza wzmianka o Łupkowie lub Lubkowie, czyli dzisiejszym Lipkowie, pochodzi z 1414 roku jako własności rycerskiego rodu Prusów. Wieś jako położona na skraju Puszczy Kampinoskiej na słabych gruntach często zmieniała właścicieli. W XVIII wieku należała do Zamoyskich (kanclerz Andrzej Zamoyski), Mniszchów (marszałek wielki koronny Michał Mniszech), a od 1 stycznia 1790 własność Paschalisa Jakubowicza, który otworzył tu manufakturę słynnych lipkowskich pasów kontuszowych i zbudował dwór. W 1791 wizytę złożył tu król Stanisław August Poniatowski. W 1792 roku powstał tu kościół.
24 stycznia 1811 roku Paschalis Jakubowicz sprzedał dobra swojemu synowi Feliksowi, lecz w 1812 Feliks zmarł, podobnie jak wkrótce sam Paschalis. Lipków sprzedany został najstarszemu synowi, Józefowi Paschalisowi Jakubowiczowi, ożenionemu z Ludwiką z Ryxów. Ten wyremontował zniszczone budynki fabryczne i wznowił produkcję, tym razem materiałów jedwabnych, płóciennych, bawełnianych i innych. Fundamenty budynków fabrycznych, zarośnięte trawą, znajdują się na skraju polany, za przykościelnym cmentarzem. W 1827 wieś liczyła 22 domy i 264 mieszkańców.
Po śmierci Jakubowiczów (Józef Paschalis – 5 kwietnia 1845, Ludwika – 14 stycznia 1862), do przejęcia przez Kazimierza Szetkiewicza 14 maja 1880, majątek miał po kolei sześciu właścicieli. Do Lipkowa, do córki Szetkiewicza Maryni, przyjeżdżał jako konkurent do jej ręki Henryk Sienkiewicz, a potem jako jej mąż. Na prośbę żony umieścił tutaj scenę pojedynku Bohuna z Wołodyjowskim w powieści Ogniem i mieczem. W 1883 Szetkiewicz sprzedał majątek, który do 1937 wielokrotnie zmieniał właścicieli, a jako ostatni przed wojną majątek objęli państwo Suwaldowie[d] W związku z częstymi zmianami właścicieli kościół pozbawiony wsparcia finansowego podupadł, już w 1830 parafia św. Rocha w Lipkowie została zlikwidowana i kościół stał pusty aż do 1950. W 1921 rozebrana została karczma, uwieczniona w powieści przez Sienkiewicza. Do 2006 r. miejsce to upamiętniał głaz, znajdujący się w zagajniku nad potokiem Struga, przy mostku łączącym Lipków z Koczargami Starymi.
W czasie II wojny światowej okoliczna ludność walczyła m.in. w partyzantce, a po wojnie w wyniku reformy rolnej na miejscu majątku powstał PGR. W 1948 pracownicy PGR przypadkiem zaprószyli ogień i zabytkowy dwór spłonął. W latach 1950-1952 staraniem księdza kanonika Stefana Kowalczyka, dziekana warszawskiego i proboszcza parafii NMP na Nowym Mieście w Warszawie, odbudowano kościół, a w dworze umiejscowiono plebanię. Proboszczem został ksiądz Wacław Kurowski (zmarły 28 lipca 1992), który m.in. założył we dworze prywatne muzeum historii Lipkowa i jego związków z Sienkiewiczem. Kolejni proboszczowie próbowali rewaloryzować kościół i jego otoczenie, oprócz remontów doraźnych planowana jest budowa nowej świątyni, oczyszczenie stawów na Lipkowskiej Wodzie i inne prace porządkowe. Na czas remontu zamknięto świątynię, a w wybudowanej obok tymczasowej kaplicy od wiosny 2008 r. odprawiane są nabożeństwa.
W 2011 dzięki działaniom nowego proboszcza i dotacji 150 000 zł z Ministerstwa Kultury wykonano izolację fundamentów kościoła i odtworzono nasyp ziemny wokół nich stabilizując kościół i ukierunkowano odpływ wody. Wzmocniono także mury plebanii (dworku).
Źródło: Wikipedia